该判决发生法律效力后，最高人民法院于2009年10月8日作出（2003）刑监字第155号再审决定，以原二审判决对刘涌的判决不当为由，依照审判监督程序提审了该案。最高人民法院依法组成合议庭，于2009年12月18日至22日在辽宁省锦州市中级人民法院公开开庭审理该案。
最高人民检察院指派检察员出庭支持公诉。再审被告人刘涌及其辩护人到庭参加了诉讼。
最高人民法院认为，原
一、二审确认刘涌犯有组织、领导黑社会性质组织罪；故意伤害罪；故意毁坏财物罪；非法经营罪；行贿罪；妨害公务罪；非法持有枪支罪，定罪准确，原一审对各罪的量刑适当，二审除对伤害罪的量刑外，其余各罪维持一审的判决正确，对伤害罪的改判有误。最高人民法院判决：撤销辽宁省高级人民法院原二审判决中对再审被告人刘涌故意伤害罪的量刑及决定执行的刑罚部分。
以故意伤害罪，判处刘涌死刑，剥夺政治权利终身；维持原二审对刘涌以组织、领导黑社会性质组织罪等判处的刑罚；对刘涌被判处的各罪刑罚并罚，决定执行死刑，剥夺政治权利终身，并处罚金人民币1500万元。再审被告人刘涌组织、领导黑社会性质组织犯罪聚敛的全部财物及其收益，依法追缴；供其犯罪使用的工具，予以没收。
判决宣告后，辽宁省铁岭市中级人民法院遵照最高人民法院下达的死刑执行命令，当即对刘涌执行了死刑。 作为一起涉黑案件，该案的首犯刘涌可谓\”罪行累累\”。
最高人民法院认定：刘涌组织、领导黑社会性质组织实施违法活动27起;在黑社会性质组织形成之前，实施违法活动4起，共实施违法活动31起。其中，直接参与或者指使、授意他人故意伤害13起，致1人死亡，5人重伤并造成4人严重残疾，8人轻伤；指使他人故意毁坏财物4起，毁坏财物价值共计人民币33090元；非法经营1起，经营额人民币7200万元；向国家工作人员行贿6起，行贿金额人民币41万元、港币5万元、美元95000元，行贿物品价值人民币25700元，共计折合人民币1 275 497元；指使他人妨害公务1起；非法持有枪支1支。
但是，在这些犯罪中，涉及死刑的罪行只有故意伤害罪。至于组织、领导、参加黑社会性质组织罪，根据我国刑法第294条的规定，最高刑为10年有期徒刑。
该条还规定，犯有组织、领导、参加黑社会性质组织罪又有其他犯罪行为的，依照数罪并罚的规定处罚。因此，组织、领导黑社会性质组织，并不是刘涌被判死刑的法定理由，真正致刘涌于死地的是故意伤害罪。
不同级别的人民法院在判决上的差异，也主要是关于故意伤害罪的认定和量刑。 根据我国刑法第234条的规定，故意伤害他人身体，致人死亡或者以特别残忍手段致人重伤造成严重残疾的，处10年以上有期徒刑、无期徒刑或者死刑。
关于刘涌所犯故意伤害罪，铁岭市中级人民法院判处了死刑立即执行。辽宁省高级人民法院则认为，刘涌所犯故意伤害罪，论罪应当判处死刑，但鉴于其犯罪的事实、性质、情节和对社会的危害程度以及本案的具体情况，对其判处死刑，可不立即执行。
最高人民法院则认为，刘涌直接或者指使、授意他人持刀、持枪实施故意伤害犯罪，致1人死亡，5人重伤并造成4人严重残疾，8人轻伤，手段特别残忍，情节特别恶劣，罪行极其严重，社会危害极大，且不具有法定或者酌定从轻处罚情节，依法应当判处死刑，立即执行。 在刘涌所犯多起故意伤害罪中，最具争议的是发生在1999年10月的故意伤害（致死）罪。
法院的判决书指称，1999年10月，被告人刘涌得知有人销售\”云雾山\”牌香烟，影响其经销同种香烟后，指使程健去市场查看并\”收拾\”销售\”云雾山\”牌香烟的业户。同年10月15日上午，在沈阳市和平区南市农贸大厅，经程健派人指认，宋健飞、吴静明、董铁岩、李志国及李凯（同案被告人）等人对销售\”云雾山\”牌香烟的业户王永学进行殴打，宋健飞并威胁他人\”看谁还敢卖云雾山烟\”。
王永学因右肺门、右心房破裂，急性失血性休克合并心包填塞而死亡。刘涌涉黑案的第二被告宋健飞被辽宁省高级人民法院判处死刑，与其直接参与了对被害人王永学的伤害，并造成被害人死亡的结果不无关系。
在这起犯罪中，被告人刘涌是否指使了对被害人王永学的伤害成为控辩双方争议的焦点。刘涌在侦查阶段对这起犯罪作了多次供认，但在审判阶段提出，自己的供认乃是公安机关刑讯逼供的结果。
公安机关是否存在刑讯逼供也成为控辩双方的争议点之一。最高人民法院的判决认定，宋健飞等人殴打王永学，系为了刘涌的利益，在刘涌的指使下所为，刘涌应为此承担相应的刑事责任；对于被告人刘涌及其辩护人提出的公安机关在该案侦查阶段存在刑讯逼供的辩解及辩护意见，不予采纳。