一、现行事业单位会计制度存在的问题
（一）会计科目的设置存在问题
现行的事业单位会计科目设置虽然考虑了事业单位资金运作的一般规律，对事业单位走向市场可能出现的对外投资、非独立核算等内容也做了相关规定，但是有时候却忽略了市场经济体制下事业单位服务市场资金运作的特殊规律，结果造成了事业单位会计科目体系上的某些空白，结果也会导致部门资金评价效果的缺失，不利于真实地反映单位本身资金的实际使用效益。
（二）固定资产的会计核算失真
我国会计制度中有关固定资产的核算仍然不够全面，在取得固定资产时只是按照实际成本价值入账，增加固定资产和固定基金，但固定资产在后续使用时则没有核算磨损价值和计提折旧，由于在单位实际业务成本核算时没有考虑折旧费用，就会使得成本核算不到位，进而出现会计核算失真的现象。
（三）会计报表信息不够准确
企业的财务报表由资产负债表、现金流量表以及损益表组成，事业单位的财务报表主要是由资产负债表和收入支出表组成，此种负债表的财务平衡公式是：资产十收入=负债+支出+净资产，将财务状况信息和业务信息合在一起，混淆了时期和时点会计信息。再者，单位不编制现金流量表，使得单位现金收支情况无法得以准确反映，不利于单位领导依据会计信息来进行决策管理，也容易使外部使用者对单位财务状况和信息做出错误判断。
二、我国事业单位会计未来改革方向
（一）完善和健全会计法规制度
在法规体系建设上，要有较强的操作性、实用性、科学性、严谨性，完善其配套措施，注意各相关法规的衔接，避免执行的混乱，健全科学的财务管理制度，使会计各项工作及监管部门有法可依、有章可循，堵住会计核算不规范的法律漏洞。同时，加大会计法规实施力度，强化单位负责人的第一负责人意识，增强法纪观念，对检查发现的问题除要求及时整改外，应严格依法处理并追究责任人的责任。守法必先知法，知法才能守法。要搞好会计监督，进行法制教育，加强会计相关的法律法规建设，是极其重要的一个环节。只有以法制作为经济工作的支柱和经济活动的准则，才能严把财务收支关，保证会计监督卓有成效地进行。政府相关职能部门应根据《会计法》等法律法规，制定出台配套制度，保障会计人员积极履行法律赋予的监督职能，如财政部门可以建立会计人员举报制度，设立举报中心，鼓励和支持会计人员检举揭发违反财经法律、贪污受贿、挪用公款、私设小金库、偷税漏税行为的人和事以及违反会计法规，打击迫害会计人员的行为同时，可以设立会计人员监督基金，对维护会计法规和保护国家财产的要给予奖励，提高会计人员的监督热情和保障他们的合法权益。对单位负责人加强财经、会计法规等法制教育培训。《会计法》第四条明确规定：单位负责人对本单位的会计工作和会计资料的真实性和完整性负责。这就必然要求单位负责人要全面了解会计法规，自觉承担相关的法律责任。对此，政府相关主管部门应定期对单位负责人进行会计法规教育、培训，使单位负责人充分理解、支持会计管理工作。
（二）完善事业单位会计核算方法与会计核算体系
针对目前事业单位会计核算存在的疏漏，笔者认为事业单位在会计制度改革时可以适当参照企业会计制度的会计核算方式。例如，林业事业单位可以在资产负债表中的固定资产项目下，增设固定资产原值、累计折旧、固定资产净值项目，真实反映固定资产价值。购置固定资产时，在国库集中支付制度下，改进账务处理。此外，各事业单位也应做好计提坏账准备，在资产项目下增设坏账准备科目，按规定提取坏账准备。在年终时应根据应收款项的账面余额计算应计提的坏账准备数额，对坏账准备账面余额进行补提或冲减；对已确认并已转销的坏账损失，如果以后又收回，按实际收回的金额先借记应收款项科目，贷记坏账准备，然后借记银行存款，贷记应收款项。总之，要通过客观地计提坏账准备，较为准确地反映潜在的坏账损失可能对债权带来的影响，充分体现会计处理的谨慎性原则，避免集中核销坏账对支出带来的强大压力。首先，完善会计科目体系。
现行事业单位的会计科目体系考虑了事业单位资金运作的一般规律，对事业单位走向市场可能出现的对外投资、非独立核算经营活动等内容也做出了规定，却忽略了社会主义市场经济体制下事业服务市场资金运动的特殊规律，造成事业单位科目体系设置上的某些空白。由于制度没有设置相应的核算科目，致使接受投资的各单位在账务处理随意性很大，如不加以规范，容易带来一定程度上的混乱。其次，采用以权责发生制为会计核算基础。权责发生制计量的基础是在会计分期的前提下各个期间收入与费用配比的财务成果，向使用者提供主体资源的来源、控制、运营成本（或提供服务的成本）等评价主体财务状况、变动情况、是否经济有效运行等全面的财务信息，能够综合、完整地反映会计主体的运营（经营）业绩和受托责任。国#l-～lz营利组织普遍采用权责发生制作为收支确认原则，我国事业单位会计也应以权责发生制作为收支确认标准并进行成本核算。
（三）建立科学的财务评价体系
第一，健全内部控制制度，强化收支管理。要将预算内外资金真正都纳入单位预算，统一管理，把有限的资金统筹安排，提高资金使用效益，必须强化收支管理。对收入的强化管理，要积极鼓励各部门、各级单位利用现有条件创收，以弥补财政拨款的不足，并对收入完成情况进行目标责任制考核，以奖惩分明的激励措施有力地推动收入的开展。支出管理是财务管理的重要任务之一，随着事业的发展和经济的繁荣，事业经费支出涉及面广，名目繁多，强化支出管理显得尤为重要。这就要发挥内部审计监督职能，在严格执行国家有关财务法规制度的同时，针对本单位的实际情况，制定并完善单位基础管理所必须的各项内部控制制度和内部财务管理制度，增强约束能力，强化支出管理。
第二，推进管理会计的运用，建立科学的财务评价体系。长期以来，我国事业单位会计只包括财务会计，不包括为单位内部服务的管理会计，并且事业单位主要是为宏观的预算管理服务，内部管理的重要性没有很好地体现。随着事业单位管理体制和运行机制的不断变化，灵活地运用管理会计的方法，建立科学的财务评价体系，才能改善管理，提高效益。
（四）对事业单位结余进行改进
事业单位的净资产是指资产减去负债的差额，将负债列入净资产核算，显然是不合适的。所以，建议取消专用基金科目下的福利基金医疗基金住房基金等科目，将专项资金列入其他应付款科目核算。同时：增设结余要素，月末将各账户余额对应结转到结余账户，正确反映非营利组织增收节支的结果和运用资金的成绩；增加提取固定资产折旧内容的核算和反映；为适应国库集中收入的需要，调整财政补助收入和事业支出的核算内容，以及时反映事业单位资金运作方式的变化；为适应政府采购的需要，调整采购业务的核算程序，以全面反映事业单位不同来源资金进行采购的内容和程序。