一、条约仲裁对特许协议争议的管辖
由于特许协议和投资条约两种法律文件中均创设了属于自己的管辖权，且性质不同，一旦以条约为基础设立的仲裁庭对特许合同争议主张管辖，则特许合同管辖与条约管辖之间的冲突必不可免。从国际投资仲裁的理论和实践看，基于投资条约建立的国际仲裁庭对特许合同争议主张享有管辖权的理由主要有:1. 国际投资仲裁的无默契性投资条约中有不同类型的国际仲裁规则。最常见的是在ICSID 框架下的仲裁，或参照联合国国际贸易仲裁规则的仲裁。按照传统的商事仲裁的特点，商事仲裁机构的管辖权来自当事人仲裁合同或仲裁条款中的选择，明示地意愿选择该仲裁机构。然而正如鲍尔森( J. Paulsson) 所指出的，投资者国家争端仲裁实质上是一种没有默契的仲裁( arbitration without privity) ，即仲裁双方当事人将争端诉诸国际仲裁的共同意愿并不表现为普通商事仲裁所必需的仲裁协议或仲裁条款。签署投资条约本身就构成了缔约方把投资争端提交仲裁的要约，投资者将争议递交国际仲裁机构即表示承诺。
因此，只要特许协议争议的东道国与投资者母国之间签订有投资条约，则无需东道国与投资者就争议管辖问题专门约定，国际投资仲裁机构就有可能主张对争议享有管辖权。Lanco 诉阿根廷案中，申请人Lanco 国际集团根据美国和阿根廷签订的BIT 中的争议管辖条款将阿根廷政府诉至ICSID，称阿根廷政府对其所属省份土库曼省的违反特许合同的纵容行为违反了BIT义务，要求阿根廷政府赔偿其损失。阿根廷政府则辩称当事人签订的特许协议中明确约定阿根廷联邦行政法庭为排他性的争议解决机构，特许合同中并未约定ICSID为管辖机构，即并未书面同意ICSID管辖。
仲裁庭对双方争议做出解释: 争议方对ICSID管辖的同意可以不在同一个法律文件中做出，投资者将投资争议提交中心管辖，就表示已经书面接受了要约。因此，只要投资条约中约定了ICSID为管辖机构，从该国签订双边投资条约起，就对外国投资者发出了一个一般性要约，投资者提交中心仲裁的申请书即是对要约的书面接受。 最终，仲裁庭主张对该争议的实体问题享有管辖权，认为合同中的协议管辖不能排除国际管辖。该观点已被国际投资仲裁实践广为接受，并成为已经确立的理论。
二、特许协议管辖条款的效力
尽管仲裁庭均否认协议管辖条款对申请人诉求国际法的排斥性，但并不否认其国内法上的效力。Vivendi 案仲裁庭发现申请人所有的请求都与特许协议的履行有关，只能待投资者依照特许协议的管辖条款在国内法院寻求救济失败后才能审理实体问题，合同管辖的效力才得以发挥。在撤销裁决中，专门委员也认为根据条约请求与合同请求各自的独立性，如果某个请求的本质涉及合同违约，则仲裁庭应使该合同管辖条款生效。在涉及保护伞条款时，对特许协议管辖条款效力的解释则各有不同。如SGS 诉巴基斯坦案中，仲裁庭认为对保护伞条款的广义解释会导致特许协议中相互约定的争议解决条款形同虚设，因而主张只对合同违反行为触及条约实体义务违反的行为享有管辖权，认可了特许协议管辖条款的效力。SGS 诉菲律宾一案仲裁庭虽对保护伞条款做出了不同解释，但认为应尊重合同中有拘束力的排他性管辖条款，因为BIT 的保护是对投资的一般性的保护，而协议管辖条款对于争议中的问题更有具体性，是专为此类争议选择适用的，从而有优先性。ICSID的管辖不能取代合同管辖。自身不遵守合同的人不能给基于合同提出请求，既然申请人已经在特许协议中选择了管辖法院，就应遵守合同。。
最终，仲裁庭在主张管辖权的同时拒绝受理实体问题，裁定无限期延缓该程序，直到申请人得到国内法院的判决。持相反意见者，如SGS 诉菲律宾案中持反对意见的仲裁员认为，东道国同意依BIT 建立的仲裁庭的管辖，这种管辖就能替代一切合同中选择的管辖机构。 在Eureko 诉波兰案中，仲裁庭基于双边条约中的保护伞条款主张对特许合同争议有管辖权，并没有像前案一样给特许协议中约定的管辖机构以优先管辖权。此后类似案件的仲裁庭均反对给予特许协议争议的国内管辖以优先性。总之，从国际投资仲裁对特许协议争议的管辖看，协议中的管辖条款虽未失去国内法的效力，但不能排除国际管辖。国际仲裁庭与合同管辖在一定程度上相互独立。这种相互平行的管辖设置使投资者完全可以进行管辖机构的选择( Forum shopping) 。如在国内法院的判决不利于自己时，再行提起国际仲裁。或置特许协议中的管辖条款于不顾，直接寻求国际救济。
三、特许合同管辖冲突的解决
由于目前国际仲裁庭的裁决并没有法律的拘束力，对于当事人能否依据投资条约中的争议解决条款来申请解决特许协议项下的争端，意见并不一致和稳定。所以争议发生后，如何解决这类管辖冲突，决定这些管辖权是否具有效力以及是否具有优先性的法律规则是什么就成为一个现实的问题。从已有的理论和实践看，可以通过以下方法解决特许合同的管辖冲突:1. 在投资条约中明确限制仲裁庭的管辖权( 1) 用尽当地救济条款和叉路口条款用尽当地救济条款要求投资者在将争议提交国际仲裁前，必须用尽东道国法院提供的各种救济。尽管现在少有国家在其投资条约中做此规定，不过依照《华盛顿公约》第26 条第2 句的规定，缔约国仍可以要求用尽当地各种行政或司法补救办法，作为其同意根据公约交付仲裁的一个条件。
叉路口条款则体现了在管辖权选择上禁止反言( Estoppelby election) 的观念。如中国和罗马尼亚签订的BIT 第9 条第3 款约定: 若投资者决定将争议提交投资所在缔约一方有管辖权的法院或国际仲裁，其决定为最终的。多边投资条约如《能源宪章条约》也允许缔约国选择管辖地，一旦选择，应为最终管辖。这两个条款能有效地限制国际仲裁庭的管辖权，避免平行程序的出现。从代表性案件的裁决看，叉路口条款的适用需有一定的条件: 在同样的争议、同样的当事人，同样的诉求下，如果投资者已经向东道国法院起诉，才被视为在叉路口条款下其他管辖机构的选择。 Vivendi案仲裁庭也认为，由于国内管辖条款只涉及合同争议，而仲裁庭对条约请求有管辖权，申请人对土库曼政府在阿根廷国内法上的诉讼并不影响其管辖权，即使有国内法院受理该案件，也不属于叉路口条款中的管辖选择。 目前尚未有一例案例仲裁庭的管辖权因该条款而被剥夺，从某种角度上讲，适用这两个条款解决管辖冲突的理论意义超过了实际意义。