全面抗战爆发后，阎宝航来到重庆，担任国府高级职务，这一时期，他担任国民委员会政治部战地党政设计委员等职务，他利用特殊身份，在自己家为党建立了联络点，整整5年，周恩来屡次去阎宝航家会晤，布置工作，从未暴露。
1941年，阎宝航女儿阎明诗声称患病从延安回来，实则带来了秘密使命，同时担任密电发报员。一份份情报被送往延安。
这一段时间里，国民党内何应钦等人坚信阎宝航是我党特工，不断制造危机，不过都被阎宝航巧妙化解。重庆的卫戍司令刘峙、军统的戴笠，中统的徐恩增都找他当面谈话，但是，所幸抓不到证据。最危险的一次，周恩来从后门进来就在家里，特务在前门，都被巧妙敷衍过去。
1941年，在一次与高层举办的酒会上，德国方面看见他与戴笠很亲近，便认为他是戴笠的亲信，于是告诉他了德国进攻苏联的具体日期，6月20日左右的最后一个星期。这个情报的准确送达苏联，避免了苏军的措手不及，斯大林因此回电表示感激。
超级特工三大功勋：一、准确送出了德国进攻苏联的时间；二、从军统破译处分析出日军进攻珍珠港的情报；三、获得日本关东军的所有材料，包括布防；
1962年，阎宝航撰写的《担任国际情报工作的经过和成绩》得到周恩来总理的批示，并作为高级 别档案保存；
不幸的是，在一次深夜提审后的拳打脚踢中，阎宝航昏迷不醒，后被送到监狱的复兴医院，长椅上躺着无人救治，一代英豪生命走到了尽头。
其子阎明光后来满面泪流的说,"那就是我梦中见到父亲的场景。”
在那个夜晚，他做过一个梦“父亲穿着灰大衣，一个人孤零零躺在医院的长椅上，我跪在椅子上痛哭流涕，我再也没有爸爸了。”我就这样哭醒了。
1978年1月5日，阎宝航骨灰安放在“八宝山革命公墓”
这就是一代铮铮铁骨，像曾经宣誓过的那样“我们牺牲一切也要做到。”为了一个伟大的事业，无怨无悔。