明部将刘肇基率残部及城中居民与清军巷战，清军在付出巨大代价后，占领扬州。因为城中居民多日来对南明军队的支持，清军入城即展开屠杀。《扬州十日记》的作者王秀楚，曾任史可法的幕僚，也是这次屠杀的亲历者和幸存之人。据书中记载，清军这次对平民的屠杀，共计十日，所以有了“扬州十日”这一说，并记述此次屠杀，扬州城内死难者达八十万人。
《扬州十日记》所记载的扬州十日大屠杀，描写清兵杀人如麻，流血有声，读之令人毛骨悚然，如游地狱，忘掉人间。“自四月二十五日起，至五月五日止，共十日，其间皆身所亲历，目所亲睹，故漫记之如此，远处风闻者不载也。”“一个清兵，遇见近五十名青壮男子，清兵横刀一呼：‘蛮子来！蛮子来！’这些人皆战战兢兢，无一敢动。这个清兵押着这些人（无捆绑）去杀人场，无一人敢反抗，甚至没一人敢跑。到刑场后，清兵喝令：‘跪！’呼啦啦全部跪倒，任其屠杀。”（这个场景在292年后的南京再现，日军攻陷首都南京后的大屠杀中重演了这一历史惨幕，此诚我中华民族之大不幸也。）“诸妇女长索系颈，累累如贯珠，一步一跌，遍身泥土；满地皆婴儿，或衬马蹄，或藉人足，肝脑涂地，泣声盈野。”“初四日，天始霁。道路积尸既经积雨暴涨，而青皮如蒙鼓，血肉内溃。秽臭逼人，复经日炙，其气愈甚。前后左右，处处焚灼。室中氤氲，结成如雾，腥闻百里。”后寺院僧人焚化积尸，“查焚尸薄载其数，前后约计八十万余，其落井投河，闭户自焚，及深入自缢者不与焉。”
清军屠城
明末清初史学家计六奇所著《明季南略》中记载：“廿五日丁丑，可法开门出战，清兵破城入，屠杀甚惨。”“扬州（府）初被高杰（明军）屠害二次，杀人无算。及豫王（清军）至，复尽屠之。总计前后杀人凡八十万，诚生民一大劫也”。
现在，我们来看看这场屠杀发生的原因，不过在这之前，我们先来看一个笑话：
问：你有过被歧视的经历么？
答：当然，高考的时候，五十六个民族，五十五个加分。
这虽然是个笑话，但也能看出来，在中国，汉族所占比例之大，而大清满族，只是五十五个少数民族当中的一个。
现在我们回到“扬州十日”这个沉重的话题。明亡后，大清朝下统治的中国，以满族人地位最高，可是就算满族统治了整个中国，统治者也决不敢掉以轻心，因为就算其它所有的民族加起来，单就人数上来讲，那也远远不是汉族的对手。而汉族之中，虽然有些人甘于被奴役，但也总有些英雄，他们不甘于外族统治。扬州等地，正是这种英雄人物辈出的地方，任何一个统治阶级，都不会允许这种具有强烈反叛心思的人和势力存在，更何况此时还有南明在一旁苟延残喘，所以在多铎下令屠城的时候，掌握实权的多尔衮默许了。
扬州十日
至于多铎下令屠城，那原因就更是简单，他被惹毛了——因明军与百姓的殊死抵抗，清军为破扬州城，损失惨重，史载此战，清军有三个将领和一个贝勒阵亡，军士就更不用说，因为攻打过程损失而报复，这是第二个原因。
第三个原因，后人分析，应与其接下来的战略有关，清军接下来进军江南等地，为防再次出现这种局面，对有强烈抵抗意志的汉人进行威慑，以减小日后行军的阻力。
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满清大屠杀