1948年8月,国民党发现了台湾地下组织的出版物《光明报》。顺着这份报纸慢慢的抓住了王明德、陈泽民、张志忠等大批的台湾共产党人。1950年1月,蔡孝乾也落入了特务的手里。一开始,保密局的特务对他严加审讯,但是蔡孝乾毕竟是老江湖了,特务问他的话,他总是可以不着边际的回答着。
特务发现这一点后,就不再对蔡孝乾用这招。于是他们改用劝诱这一方法,蔡孝乾考虑了七天后,答应了。于是蔡孝乾就与特务们一起回到家,找出地下工作者的电话号码,准备诱捕他们。等走到一处黑暗的转角处时,蔡孝乾快速的逃跑。特务们马上反应过来去追,但已经看不到蔡孝乾的身影了。
特务想到蔡孝乾这个人好色,就算是逃跑也一定会带上他的小姨子马文娟。于是就在马文娟的栖身处黄天家里埋伏。但是没想到蔡孝乾带着小姨子先一步逃走了,审问黄天后,特务们得知了蔡孝乾的落脚处,于是将他逮捕了。这回,特务们直接拷打了蔡孝乾,打得他整个脸都在流血。
晚上,在看守所内的蔡孝乾,忽然想起了小姨子马文娟,大喊她的名字。于是特务们将马文娟送了过来,当时马文娟是已经投降了的。蔡孝乾看到马文娟都投降了,于是没做多少挣扎也叛变了。叛变后致中共在台地下组织被摧毁,使1800多人被捕入狱,吴石、朱谌之等多人惨遭杀害。
蔡孝乾叛变后加入国民党,任台湾当局"国防部"保密局设计委员会委员;1956年又任职于"国防部情报局匪情研究室",后升任该室少将副主任兼"司法行政部调查局副局长"。蔡和另外叛变的陈泽民、洪幼樵等人长期被严加警卫,深居简出。1982年10月在台湾病逝。
1950年6月1日,蔡孝乾在国民党的安排下在《中央日报》发表了一份公开声明,并在《中央电台》做出广播,对仍在台湾活动的地下党人造成严重的打击。他说:"我是蔡孝乾,也就是蔡乾,在中共有二十多年的历史,也是中共极少数的台湾高级干部之一。
今日中共许多党的老干部,不是我熟悉的朋友,就是我当年共患难生死的同伴…我曾经是苏区时代的中央执行委员,参加过两万五千里长征,也曾是中华苏维埃政府的内务部长。后来调任第十八集团军总政治部的敌工部长,抗日战争结束后,我是中共台湾省工作委员会的书记,党在台湾的实际负责人。
四年以来,我们在台湾,工作不能说不努力,对党也没有叛离,中共中央对我们的支持也是热切而有利的。虽然台湾的工作环境十分恶劣。"
同时,蔡孝乾又以台湾人的身份向本省人做另一广播:"最后,我要向台湾同胞,尤其是向尚未自首的中共党员们说明,中国共产党是一个组织严峻的集团,对党员的控制,是一贯使用严格的纪律,我在中共党内二十五年,期间不知受了多少痛苦和折磨,也不知受了多少压迫和欺凌,但是我是没有任何办法反抗的…"
此后,蔡孝乾完全消失在台湾社会。只传说他成了国民党情报单位的少将军官,成了继续逮捕地下党人的要员。不过没有人见过他,甚至做为台湾人,有关他的家庭、家族等等也都完全消失在台湾社会。那些关了几年逃过一死的共产党人,至今对蔡孝乾仍感愤慨和不齿,而且也充满了不解,究竟蔡孝乾在想什么?有关蔡孝乾的种种至今仍是一个谜!
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蔡孝干