前60年(一说前59年)，凯撒被森图利亚大会选举为罗马共和国的执政官。凯撒因此成为了最高长官，但是贵族们害怕如果再出现一个与凯撒合作的同僚，凯撒就可以无所顾忌为所欲为。于是许多贵族为他的主要政治对手，元老院精英派代表，加图的好友，马尔库斯·毕布路斯(Marcus Calpurnius Bibulus)捐款，使其也当选为执政官。对此加图曾坦言，在此情形下，贿选有利于国家。
因此，凯撒特别地需要组建其政治同盟，而且他找到了其政治对手事先未曾料想到的合作伙伴。此时，庞培正在元老院争取安置他的退伍老兵的土地，却遭到失败;已经成为罗马最富有者的克拉苏(Marcus Licinius Crassus)，也正在为获得对抗帕提亚所需的军队控制权而犯愁;而执政官凯撒也正好需要庞培的声望和克拉苏的金钱。因此，凯撒成功地使两人言归于好(庞培和克拉苏在前70年那次共掌执政官之后结怨)。三人于前60年订立盟约，目的是使“这个国家的任何一项措施都不得违反他们三人之一的意愿”(苏维托尼乌斯语)。历史学家将这个联盟称为“前三头同盟”。为了巩固这一政治联盟，五十岁的庞培还娶了凯撒年仅14岁的独女茱莉娅。
三人结盟后，势力大增。在毕布路斯宣布有不祥征兆欲终止会议的时候，凯撒竟粗暴地动用武力，将这位同僚赶了出去，而在次日的元老院会议上，竟然无人敢对此提出批评或议论，而此前尚不及此严重的事件都会有法令通过。毕布路斯如此失望，以至于作为执政官的第一项政令，便是退出所有政治活动。从此这位凯撒的政敌，只能躲在家中通过信使，向元老院或公民大会发出不祥征兆，直到任期结束。就这样，凯撒大权独揽，“毕布路斯和凯撒执政之年”成了“儒略和凯撒执政之年”。在完成执政官任期之后，凯撒被授予作为总督管理山南高卢(今阿尔卑斯山南部、意大利北部)、南法高卢((今阿尔卑斯山北部、法国南部)和伊利里亚(今巴尔干半岛亚得里亚海沿岸地区)五年(前58年-前53年)的权力。但是野心勃勃的凯撒似乎并不满足于这些，几乎在刚到任的时候，他便发动了高卢战争(前58年-前49年)。
在统帅军队在各地作战的这9年时间里，凯撒夺取了整个高卢地区(约相当于今天的法国)，并把这个以比利牛斯山、阿尔卑斯山、塞文山、莱茵河和罗纳河为界，周长超过3000英里的地区(除了部分同盟者的城市)，统统变成了一个行省(高卢行省)，后者还被规定每年向他上缴大量的钱财。凯撒以积极灵活的机动与统驭才能证明了他杰出的军事才能，此外，凯撒还是第一个跨过莱茵河，到对岸(日耳曼尼亚)去进攻日尔曼人，与第一个挥军进攻不列颠的罗马人。
内战
高卢战争获得的巨大声望，让人在罗马的庞培感到不安。再加上西元前53年，东征帕提亚的克拉苏战败身亡，三头政治不稳，元老院顺势拉拢庞培。前49年，元老院向凯撒发出召还命令，命令凯撒回罗马，凯撒回信表示希望延长高卢总督任期，元老院不但拒绝，还发出元老院最终劝告，表示凯撒如果不立刻回罗马，将宣布凯撒为国敌。
凯撒带军团到国境线卢比孔河。罗马法律规定，任何指挥官皆不可带着军队渡过卢比孔河，否则就是背叛罗马。凯撒思索半天之后，讲出一句名言，“渡河之后，将是人世间的悲剧;不渡河，则是我自身的毁灭。”于是，他带着军团渡过卢比孔河。凯撒的举动震动庞培以及元老院共和派议员，他们没想到凯撒竟然如此大胆，急忙带着家当逃离意大利半岛。于是，凯撒兵不血刃地进入罗马城，要求剩余的元老院议员选举他为独裁官。接着，他征讨西班牙、希腊，在公元前48年的法萨卢斯战役中彻底击败庞培，并追击庞培到埃及。埃及人为了讨好凯撒，让他支持现任国王托勒密十三世，刺杀庞培之后，将庞培的人头献给凯撒。然而，凯撒却宣布埃及王位由托勒密十三世与他的姐姐，后来的埃及艳后，克利奥佩脱拉共享。此举惹恼埃及人，爆发亚历山大战役。
凯撒带领的第六军团艰苦抵抗埃及军，再加上援军到达，彻底击败埃及军，托勒密十三世阵亡，克利奥佩脱拉登上埃及王位。遗憾的是，在会战期间，凯撒士兵所发射的火箭命中亚历山大城的大图书馆，六十多万本书毁于一旦。在亚历山大战役结束后，凯撒与克利奥佩脱拉进行一次为期两个月的尼罗河之旅，接着征讨破坏与罗马之间协约的本都王国，胜利之后，他给元老院写一封信，里面只有三个字，“VENI VIDI VICI”(我来、我见、我胜)。前46年，凯撒回罗马之后，再次召集军队，攻打逃至北非与努米底亚王犹巴结成同盟的庞培余党，于塔尔索斯会战中获得完全胜利。之后，凯撒回到罗马，进行长达十天的凯旋式。
战后
回到罗马的凯撒推动各项改革，包括给予北意大利和西西里岛人民罗马公民权、请专家制作儒略历、建立和平广场等。在前45年，庞培的两个儿子逃到西班牙发动叛乱，凯撒再次远征西班牙，于孟达会战中击败叛军，庞培长子劳斯阵亡，次子流亡西西里。凯撒回国之后，于前44年宣布成为终身独裁官。
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