吴于廑先生讲究师德，也十分尊敬自己的老师，更善于从老师的谈话中吸取治学的营养。吴师生前多次与弟子谈及自己被南开大学经济所免试录取为研究生的经历。先生所撰《自传》中对此有更详实的记载：“1938年冬，在经历了抗日战争初期一段流离失所的生活之后，我到达了昆明。当时昆明已经设立了包括北大、清华、南开在内的西南联合大学。陈序经先生任西南联大法商学院院长兼南开大学经济研究所研究主任。……陈先生同我谈话约一小时，问了我好些问题，其中有的涉及东西方对知识的看法。谈话将要结束了，他说：‘南开经济研究所正在恢复，计划招收几名研究生，你来吧，不用考试了。’……在他同我仅仅作了一次谈话就决定收我作研究生，这对我确实是喜出望外。”其实，这种不拘一格的录取方法，正反映了这位具有很高办学才能的学者之慧眼所在。
吴于廑先生对自己弟子的培养既宽容又严格。通过西方史学的讲授，他使学生看到长期受西方影响的世界史学科确实需要开拓和发展，尤其是摆脱西欧中心论和堆砌国别史的不良影响，有许多研究课题等待人们去探索，使后学之人看到自己拥有的学术活动空间和发展前景。
另一方面，他又以历史唯物主义的态度实事求是地肯定西方近现代史专业已取得的积极成果，指出一个多世纪以来西方史学在专门研究上的多方面积累，已经为世界历史的比较、综合研究准备了可以认真着手的条件。他要求学生认真研读西方史学名著，密切关注西方史学的新成果，在厘清学术前史的情况下搜集资料、策划选题，明确论文写作可以达到的深度和广度，防止枝蔓旁生，大而无当，使学生感受到哪怕在一个具体问题的论述中要取得成绩，也要付出艰辛的劳动。他充分肯定兰克开办讨论班(“习明那尔”)的培养方法，在研究生论文的具体选题方面发扬学术民主，尊重作者本人意愿，不以导师的研究兴趣作取舍。凭借宽容的学术氛围和导师渊博治史的播化，其论文水准不仅获得外来专家的一致好评，而且拓宽了所在研究集体的学术层面。
弟子们的学术视野为之大开，学术思路也变得活跃起来。西方史学过去经历了哪些流变，形成了哪些史学传统，有哪些史学遗产值得借鉴?这些问题经常出现在学子的脑海里和彼此的讨论中。带着这些问题再去阅读西方学者的史著，对历史的观察就比以往深入和全面得多。事实表明，兼治史学史不仅促进了研究生论文的写作，而且作为一种基础学习，也为他们以后的治学研究提供了后劲。由于接触了风格各异、流彩纷呈的历史题材、史学思想、编纂方法、写作技巧，也有利于学子博采众长，逐步形成自己的治学特点。
吴师博士生弟子在论文基础上所出专著有：李平哗《宗教改革与西方近代社会思潮》，今日中国出版社1992年版;刘景华《城市转型与英国的博兴》，中国纺织出版社1994年版;姚凯《日本封建社会自治城市研究》，成都科技大学出版社1993年版;陈勇《商品经济与荷兰近代化》，武汉大学出版社1990年版。
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