旧中国是一个土匪横行、匪患不绝的社会。新中国成立后，毛泽东即对剿匪问题作了初步部署。1949年11月14日，他致电西北局，要求他们“大力剿匪”。12月18日，毛泽东在给四野领导人的电报中，又命令“四野入桂各军休息二十天，大部分散剿匪”。
面对人民解放军的剿匪，藏匿各地的土匪们纷纷发起武装暴乱，包围、袭击我军队和地方各级政权，杀害我军政人员和无辜群众，他们甚至提出“赶走共产党，三年不纳粮”的口号，妄图煽动群众，推翻新生的人民政权。
1950年3月，刚从苏联访问回来的毛泽东，面对各地发生的匪情，毅然决定发动大规模剿匪。他在给湖南人民军政委员会顾问刘揆一的信中坚定地提出“匪祸必剿，首恶必办，是为定则”。他指令中央军委尽快拿出剿匪意见。根据毛泽东的指示，3月16日，中共中央、中央军委向全党、全军发出了《剿灭土匪，建立革命新秩序》的指示，提出，剿灭土匪，是当前全国革命斗争不可超越的一个重要阶段，是建立和恢复我各级地方人民政权，以及开展其他一切工作的必要前提，是彻底消灭蒋介石国民党在大陆的残余武装，迅速恢复革命新秩序的保证。
在剿匪过程中，毛泽东曾多次电令各地，向中央报告剿匪情况。凡各地送来的剿匪报告，毛泽东废寝忘食、夜以继日地加以批阅，同时还不断向有关地区发出指示或批转剿匪经验。对一些行动迟缓、剿匪不力的地区，毛泽东更是亲自派人，严加督导，直至局面改观。
当广西剿匪出现反弹时，毛泽东电令华南分局第一书记叶剑英迅即前往，并在那里留驻几个月，重点限期肃清土匪，确有成绩然后回来，否则不要回来。
当叶剑英向毛泽东报告剿匪成绩时，毛泽东高兴地复电说，广西剿匪成绩甚大，我及中央同志都很高兴，同时提出更高的要求：必须把一切股匪、潜匪肃清，一切匪首捉起，一切非法枪支起掉。
经过三年多的大规模彻底清剿，历史上长期不绝的匪患，从中国大地上消失了。毛泽东不无自豪地说：这一切只有在新中国成立后才成为可能，只有人民的军队才能竭尽全力剿灭匪患。