1949年5月28日，第25军奉命攻取崇明岛。30日，第25军前锋部队由吴淞北渡，一举登岸成功并迅速向纵深发展。31日，在中共江南工委派遣的地下党组织策动下，敌暂编第1军第11师副师长刘贺田率领该师1987人起义。6月2日崇明岛全部解放，歼敌3700人。
至此，历时43天的渡江战役胜利结束，第三野战军共歼灭国民党10个军、32个师约30万人，解放了包括南京、上海、杭州在内的城市120座，以及苏南、皖南和浙江大陆广大地区。
渡江战役后，江、浙、皖等地的土匪活动比较猖獗。因此，第三野战军除令第10兵团进军福建外，其他各兵团主要担任各城市警备和剿匪任务，展开了历时2年多的剿匪斗争。
国民党军在渡江战役溃逃之际，有计划有组织地留下大批反动军官、特务分子、党政骨干和残余部队，并且收罗散兵游勇、地痞流氓，依托山区、湖泊，特别是省与省、县与县交界地区，大肆进行破坏活动。这些土匪还同当地的恶霸地主武装、反动会道门、惯匪联合起来，以反对人民革命为共同目的，或并为一伙，或互为呼应，因而华东地区一时匪情严重，匪患成灾。
据1949年7月不完全统计，华东大陆共有土匪武装746股，其中千人以上的12股，共约11. 3万余人；浙江约有土匪155万股，4. 7万余人，主要活动于浙赣铁路两侧地区；福建约有土匪240股4万余人，主要活动于闽北、闽西地区。此外，安徽约有土匪1.5万余人，江苏约有土匪8600余人；山东也有土匪3000余人。这些土匪经常武装袭击刚刚建立起来的基层政权，杀害干部群众，破坏铁路、公路、桥梁和邮电设施，抢劫仓库和运输中的物资，利用解放初期的经济困难煽动闹事，活动十分猖獗。
1949年7月29日，华东军区、第三野战军根据日益猖獗的匪情，决定发动大规模的秋季剿匪作战，首先剿灭大股土匪，迅速安定社会秩序，配合农村工作的开展，保障主力向东南进军。陈毅、粟裕要求剿匪部队先打掉主要的大股土匪，再打次要的小股土匪；先消灭腹心地区、交通线两侧的土匪，再消灭边沿地区、结合部地区的土匪；做到剿大股，警小股，打要害，制一般，剿一地，清一地。
8月9日，华东军区、第三野战军下达作战命令：以第25军协同浙江军区建德军分区、临安军分区和皖南军区宣城军分区、徽州军分区，剿灭浙皖边区杭州至县公路两侧桐庐、建德、淳安、余杭、安吉、广德、宁国的股匪，尔后视情转向浙赣边区清剿；以第24军第71师、第三野战军直属骑兵团和皖北军区1个团协同鄂豫皖边区剿匪指挥部，进剿以金寨为中心的大别山股匪；以苏南军区和华东军区海军炮艇大队剿灭太湖土匪，并以第20军协助苏南军区苏州军分区剿灭苏州至上海铁路沿线的土匪；以苏北军区和鲁中南军区剿灭陇海路徐州至海州段两侧地区的土匪；以第35军为主，由浙江军区统一部署，剿灭钱塘江以南浙南浙闽边区、浙赣边区和浙江沿海地区的土匪，保证浙赣铁路杭州至上饶段的交通安全。
8月27日，7个主力师分赴剿匪地区，与地方武装一起开始对大股土匪进行清剿。正在进军福建的第10兵团，也抽调出4个营在闽北执行剿匪任务。
各剿匪部队首先集中优势兵力，以合击合围的战术捕歼主要股匪，捣毁土匪巢穴。开始，由于部队对土匪活动规律和剿匪地区的地形不够熟悉，加上群众对政策还不够了解，军事进剿常常扑空。但干部战士为保卫胜利成果，解除人民疾苦，不怕艰苦，发现匪情立即长途奔袭，始终保持着旺盛的志气。
8月上旬，湖北军区奉命组织鄂豫皖边区剿匪指挥部，由军区第二副司令员王树声任司令员兼政委。剿匪部队以四野126师为主力组成北线部队，以军区独立3师为主力组成南线部队，以三野第24军71师为主力组成东线部队，对大别山区的土匪进行围剿。
剿匪部队成三线配置：第一线为进剿、会剿部队，分进合击匪中心地区的一点或几点，打乱其指挥系统；第二线为驻剿、堵击部队，控制要点及重要城镇，安设据点，协同进行合击、堵击、伏击；第三线为封镇部队，主要以各县及区乡武装为主，在匪我交界区组织群众联防，盘查可疑行人，以防土匪流窜潜逃，并维护交通运输线及地方工作。
9月1日，第71师到达霍山、麻埠、叶家集、岳西等地集结。
5日，开始合击堵歼金家寨、燕于河、漫水河之线股匪。该师先以1个营合击金家寨，另以2个团又2个营分别展开于庆云桥、杨家、霍山、黑石渡之线，担任二线阻击任务。土匪闻讯后，立即分股流窜，潜伏隐蔽。我军未经战斗就解放了金寨县城。
在剿匪初期，土匪为避我合围均化大股为小股，利用深山密林一日数迁，行踪出没不定，日间分散隐蔽，夜间则聚集出扰，与我纠缠。因此，剿匪工作一开始并不顺利。
9月下旬，王树声指示第71师；东线剿匪的重点应在金(寨)霍(山)公路以南地区，负责金寨郊区清剿，并向东南方向伸进，配合基干1团清剿黄英匪部，并以1个加强营机动寻歼流窜至帽顶山地的匪首最高指挥机关。
第71师根据匪情变化，改变了剿匪斗争的方式，以营、连为单位，在内线控制要点，外线建立严密的封锁线，展开分散驻剿和强有力的政治攻势。并采取以便衣制便衣、以分散制分散、以游击制游击的战术手段。
在分散驻剿过程中，各部队高度发扬不怕艰苦精神和机智灵活的战斗作风，白天搜山，夜晚行动，时而合击，时而对返，或数路出动，梳式推进；或梯次布置，穿梭搜剿。并大力开展政治攻势，广泛宣传宽大政策，有计划地释放少数携械投诚、表现较好的土匪，以扩大影响。
10月初，第213团先后活捉匪"鄂豫皖边区人民自卫军"总司令汪宪，第一副司令兼参谋长樊迅，第二副司令兼立煌挺进司令袁成英等匪首，从而歼灭了大别山土匪的最高指挥机关，大大鼓舞了群众斗争的情绪和各线剿匪部队的士气，为肃清大别山残匪创造了有利的条件。到10月底，该师总计剿捕和争取投降自新的土匪1000余名。
11月后，除边缘地区尚有小股土匪活动外，山区局而已基本打开。但散匪及大部匪首仍未归案，他们利用其亲友、封建关系或搜罗残匪，再返老巢；或化装成穷苦群众，改名换姓隐藏埋伏；或混入城镇潜伏。针对这些情况，我军以搜捕匪首、潜匪、散匪为重点，将部队高度分散，以连、排为单位活动，进行全面驻剿。
至1950年2月底，第71师胜利完成大别山剿匪任务，于3月初归建随军南下。
为肃清浙南沿海残匪，第21军63师187团3营奉命进攻鹿栖岛之敌。
鹿栖岛位于浙江省玉环县南11海里，面积约8平方公里，岛上森林茂密，杂草丛生。该岛之敌是蒋军浙南绥靖军一部200余人，于浙江大陆解放后逃往该岛，抢劫人民财产，破坏渔业生产，企图配合洞头岛之敌封锁温州湾。由于我军的军事打击和政治攻势，其内部人心惶惶，十分动摇。
根据上级意图，3营决心于1949年10月6晚，以8连、7连、9连的序列向鹿栖岛荫蔽航渡，预计在岛北岸秘密登陆，并充分做好强行登陆准备。
10月6日，由于情况变化，上级决定改为次日晚进攻。10月7日19时，3营趁月光由小里岙秘密起渡。
23时许，当8连距登陆点500米时，被敌发觉向我射击。8连指战员勇敢沉着，用木浆、铁锹奋力划船迅速靠岸，在南山坪以北强行登陆。登陆后以勇猛的动作占领滩头阵地，并迅速歼灭了南山坪敌指挥所及其附近之敌。此时，7连左侧遭到敌火力拦阻。9连起渡后不久，迷失方向离开战斗队形。
8连攻占南山坪后，连长命令2排大胆直插242. 8高地，歼灭该地域之敌，控制制高点。3排向东沿小道向敌不断进攻，支援7连登陆。1排向西沿小道直插买相查岗，歼灭该地域之敌，支援2排战斗。
7连在8连3排的支援下迅速登陆，直插南山坪以南渡口，截断了敌人退路。在我沉重打击下敌人乱成一团，龟缩在鲳鱼礁村、鹿栖地域。我7、8连迅速将其包围，进行战场喊话，敌大部缴械投降，少数顽敌潜入山洞、树丛企图潜逃，敌两艘汽艇见大势已去，仓皇南逃。8连立即以小炮、机枪猛烈射击，击沉汽艇1艘。9连听到枪声迅速靠拢，于东臼登陆。
拂晓，全营发扬连续作战的战斗作风对全岛进行搜素，匪绥靖军副司令叶金饶化装潜入山洞，被我8连通讯员和卫生员活捉。
在闽北地区，土匪的活动十分猖獗，被土匪控制的县城有光泽、将乐、建宁、泰宁4座。为保障攻击金门任务的完成，1949年10月11日，第28军第83师奉命组成闽北剿匪指挥部，用了两个月的时间歼灭土匪近千人，瓦解大刀会数千名，取得了剿匪的初步胜利。
金门战斗失利后，第83师准备参加再攻金门的战斗，剿匪的任务由第84师担负。第84师接令在10天中由福清等地先后到达闽北地区，师部和第251团进驻建瓯，第 250团集结于南平，第252团2营进至崇安。
部队到达剿匪地区后，师立即召开了剿匪动员大会，号召大家树立"不消灭闽北土匪不下山"的思想。会上，师首长还要求大家发扬"三猛"和"五不怕"的精神。"三猛"即猛打、猛冲、猛追，"五不怕"即不怕扑空、不怕爬山、不怕夜行军、不怕下雨路滑、不怕行军多。
1950年1月18日，闽北剿匪指挥部在"军事清剿、政治瓦解、发动群众"的总方针下，决定剿匪工作分三个步骤：第一步，2、3两个月份以军事清剿为主，在军事压力下开展政治攻势，求得歼灭股匪；第二步，部队分散驻剿，组织强有力的武工队清剿散匪，大力开展政治攻势，结合发动群众进行反霸斗争，提高群众的觉悟，发动积极分子组织自卫；第三步，减租减息、组织农会，在群众与部队的密切配合下，彻底肃清隐蔽的残匪。
1月26日，各剿匪部队经过短时间的准备后全面展开了进剿工作。
第250团自南平进至洋口镇，向建乐、建宁、泰宁等地进剿，先后解放了这三县城。
第251团进至建瓯东北东游镇，向政和、松溪一带进剿，一部进至浦城。
第252团以崇安为中心，分布于分水关至建阳公路沿线，一部位于邵武，向光泽进剿，解放该城。
在我剿匪行动全面展开后，大部匪特开始化整为零，时聚时散，依靠深山密林、古庙、山洞，昼伏夜出；依靠其封建社会基础，对群众进行勒索；以烧杀打罚等手段，使群众不敢接近解放军；在政治上大肆造谣，欺骗落后群众。
匪特还组织起封建门会与我军进行斗争，其活动范围多为县区交界地带。在其经常活动的老巢，拉拢欺骗群众，并利用旧保长组织，建立情报网，有时还派遣老百姓侦察我军的行动情况，强迫老百姓为他们站岗放哨。在我兵力较强的地区，土匪则以假投降的诡计，交出一些破烂的武器，企图麻痹我军，拖延时间，暗中发展。有时，匪特还以自首的方式打入我军内部，刺探我军情况。当匪特查明我小分队的行动后，即以多数兵力预先埋伏，派少数土匪引我小分队进入包围圈同我作战。
根据土匪的活动方式，第84师采取了五项有力的对策：
第一，开始清剿时士匪尚成股活动，根据此情况各部均有计划地采取了合击、拉网以及有重点的清剿等战术。匪经我强大的军事打击后，有的被歼，大部则被迫分散。然后我即组织精干小分队或以班排为单位配合地方武装，查明即打，或边打边侦察，跟踪穷追，或远距离奔袭。第二，智勇结合，高度地发挥了机动灵活、勇猛果敢的精神，化装出发，不规律地行动，寻找线索跟踪穷追，利用降匪、俘匪争取瓦解。第三，以"单刀直人"、"中心开花"等战术动作，用精干的小分队长途奔袭，果敢插入，给匪以措手不及而消灭之。第四，匪在我清剿紧急的情况下，多化装潜入城市，我各部队在驻防的城区同时展开清剿，城乡结合，给匪特以很大的威胁。第五，大力开展政治攻势与群众工作，加强宣传，所在之处均召开群众大会、匪属座谈会以及旧保甲长会议，说明我军剿匪的目的、决心、政策。
由于第84师的积极清剿，在短短的40天中歼灭土匪千余人，俘匪"闽北游击司令部前线指挥部"司令黄忠贞，击毙匪"中华救国军闽北指挥部"总指挥刘午波，初步完成了剿匪任务。
至1950年2月，华东军区、第三野战军在剿匪作战中共歼匪5. 4万余人，其中山东1400余人，皖北6000余人，皖南2000余人，苏北200余人，苏南7000余人，浙江3. 4万余人。除福建外，华东各地的大股土匪基本剿灭，摧毁了股匪赖以立足的基地，打乱了股匪的指挥体系。
但是，1950年初，剿匪工作又遇到三个方面的新情况。一是国民党重新对各地土匪组织进行整顿和编组，设立了若干个"游击军区"以加强对土匪的领导；二是我军主力部队需要解放舟山和准备再攻金门，而地方部队则刚建立不久，没有足够的力量用于剿匪；三是又遇上严重的春荒，使一些被打散的土匪得以重新聚集。
1950年上半年，山东、浙江、苏南、苏北增加土匪6900余人，福建增加土匪1.1万余人，潜入华东大陆的特务多达155次3700余人。土匪的破坏活动重新猖獗，他们利用大刀会等封建迷信组织进行反革命暴乱，煽动灾民抢粮。仅从1月至3月，华东各地被抢公粮1000多万斤，发生反革命暴乱210起。
1950年3月，华东军区、第三野战军决定进一步发动以歼灭成股土匪为目标的重点清剿。重点清剿实行主力部队、地方武装和发动群众武装自卫三结合的方针，采取划片包剿的办法。在匪情严重的地区以主力部队为主清剿，地方武装和民兵配合；在匪情一般的地区，以地方武装为主清剿，民兵配合，当地驻军支援。
3月至6月，华东大陆又歼灭土匪2.7万余人。其中被歼的重要股匪有：闽北的"中华民族自救军闽北总指挥部"、闽西的"反共救国军第6纵队"、闽南的"漳厦游击司令部"、浙瓦的"国防部第3纵队"、苏南的"苏皖军区第3纵队"、皖北的"青年反共救国军"。
6月27日，美国发动侵略朝鲜的战争。国民党认为形势对他们有利，大肆鼓吹"反攻大陆"时机已到，加紧派遣特务武装窜入大陆，力图稳住土匪作为复辟的内应。在这种情况下，土匪的人数又有所回升。
为加强剿匪工作，华东军区于8月召开剿匪作战会议。会议强调，要把军事清剿和政治攻势结合起来，把剿匪作战和反霸斗争结合起来，把长期驻剿和分散清剿结合起来，灵活运用奔袭、合击、伏击、搜捕等战术，坚决实行宽大与镇压相结合的政策，打击少数，争取多数，利用矛盾，各个击破。
8月以后，剿匪工作掀起了新的高潮。由于舟山群岛已经解放，华东军区、第三野战军决定调第22军第65、第66师进驻浙江穿山半岛和象山半岛剿匪；调第23军第67师进驻浙江天台山区剿匪。福建的剿匪兵力也从8个主力团增加到12个主力团。
10月中旬，第32军第95师286团在闽北山区采用军政并进的办法，6天中瓦解了7股土匪，争取了匪"闽北自救军第2支队"副支队长以下140人投降。
11月17日，毛主席致电陈毅、饶漱石；"闽浙两省剿匪工作极为重要，特别是福建匪患必须使用四五个主力师用全力穷追猛打，限期肃清"；"我提议从现在起，和广泛展开土地改革工作相结合(福建必须迅速实行土改)，限六个月内剿灭一切成股土匪"。
遵照毛主席的指示，华东军区、第三野战军将参加福建省剿匪的主力部队增加到5个师，并从驻福建部队中抽调1.2万名干部，下乡参加剿匪和开展农村工作。这样，华东投入剿匪作战的主力部队已达18个师之多。
11月中旬，第29军第85师253团进抵龙岩。第10兵团兼福建军区副政委刘培善亲自到该团传达军区首长的命令，要求该团在3个月内捉到匪首"中国人民自由军"闽粤赣区总司令唐宗。为此，第253团在警备第8团的配合下，集中7个连的兵力对清风山展开了重点清剿。
清风山方圆30公里，山高林密，地形复杂。第253团为防止匪首唐宗漏网，在清风山周围布下一道道包围圈，密布岗哨，封锁各道口，形成"白天视线相连，夜晚火光相接"，断绝山里山外的一切联系。与此同时组织精干小分队，划分地段进行搜山，并大力开展政治攻势，分化瓦解敌人。
从11月30日开始，搜剿小分队采用拉网式前进的方法，一个山头一个山头、一个山洞一个山洞搜索，搜一片，封锁一片，清一片，对重点地区反复搜剿。干部战士搜剿中饿了就吃几口随身带的糙米饭，渴了就喝几口山泉水；雨天一身水，雨过一身泥；爬山洞，攀悬崖，钻密林。指战员衣服撕破了，腿摔伤了，手被荆棘刺得鲜血直流都全然不顾。
土匪在我军层层围剿下惶惶不可终日。唐宗饥饿难忍于12月5日凌晨下山，企图混出包围圈，被第1连8班哨兵刘万金发现，随即与流动哨兵查仲家一道将其捕获。
活捉匪首唐宗后，闽西军民欢欣鼓舞，剿匪信心倍增，各地股匪闻风丧胆。第253团乘胜追击，对姑田、北团、罗坊等地区加紧进行重点清剿，在不到一个月的时间里擒获土匪1000余名，其中大小匪首430人。
到1951年6月，华东大陆又剿灭新老土匪11.4万余人，其中大队长以上匪首1576人。至此，残害人民的成股土匪全部剿灭，国民党妄图反攻复辟的主要社会基础终被摧毁。